Les ZEPA són zones especials de protecció d’aus i formen part de la Xarxa Natura 2000.  Natura 2000 és una xarxa europea d’espais naturals que té com a objectiu fer compatible la protecció de les espècies i els hàbitats naturals i seminaturals amb l’activitat humana que s’hi desenvolupa, fent que es mantingui un bon estat de conservació dels hàbitats i espècies i evitar-ne el seu deteriorament.

Dins del Sistema Segarra Garrigues hi ha ZEPA que protegeixen aus estepàries: Plans de Sió , Bellmunt – Almenara, Anglesola – Vilagrassa, Secans de Belianes – Preixana, Secans de Mas de Melons – Alfés i Secans de Segrià – Utxesa. En canvi les ZEPA de Valls de Sió  – Llobregós i Granyena protegeixen altres tipus d’aus.

Aquests espais afecten al projecte Segarra Garrigues ja que condicionen les àrees regables i la dotació de reg.

En general les ZEPA del Segarra Garrigues no són àmbit regable però n’hi ha que es poden arribar a regar amb una dotació de 3.500 m3/ha any condicionat a una prova pilot. Quan la ZEPA no protegeix aus estepàries es pot regar a 6.500 m3/ha any amb algun condicionant agronòmic.